У кући Ивана Петровича Шујског, у присуству многих свештеника и неких бојара, они се одлучују да се разведу од Фјодора Јоанновича са царином, Годуновином сестром, захваљујући којој је, по свему судећи, и Борис. Састављају папир у којем, сећајући се краљичине бебе и детињства, замоле краља да склопи нови брак. Головин наговештава Схуискија о могућности постављања Деметрија на место Федора, али добија строгу одбрану. Принцеза Мстиславскаја носи госте око себе, пије Федорово здравље. Шаховски, младожења Мстиславске, везиста Волокхов зове место тајног састанка. Иван Петрович шаље молбу митрополиту, жалећи на потребу да се уништи краљица. Федјук Старков, његов батлер, извештава о ономе што је Годунов видео. Након што је од Углицха добио информације о Головиновој вези са Нагими и видео претњу његовој моћи, он објављује својим присталицама Луп-Клесхнину и принцу Туренину одлуку да се помире са Схуиски-ом. Фиодор стиже, жалећи се на коња. Појављује се краљица Ирина, која Федор несретно извештава о лепотици Мстиславској, коју је видео у цркви, и одмах уверава краљицу да је она за њега лепша од свих осталих. Годунов говори о жељи да се помири са Схуискием, а цар са задовољством прихвата ствар.
Федор најављује намеру да помири Годунова са Шујским и затражи помоћ од митрополита Дионизијеа и других свештенства. Дионизије оптужује Годунова да је тлачио цркву, био попустљив према херетицима и наставио са прикупљањем пореза од којих је црква ослобођена. Годунов му представља заштитна писма и извештаје о прогону кривовести. Краљ тражи подршку од Ирине и дечака. Праћен народним ентузијазмом, долази Иван Петрович Шујски. Федор га укорава што није посетио Думу, Шујског је обесхрабрио немогућност привођења Годунову. Фјодор, сећајући се Светога писма и позивајући свештенике за сведоке, говори о користима помирења, а Годунов, послушан њему, нуди Шујском пристанак. Шујски га приговара што није желео да дели државну управу, што је Јован завештао петорици дечака: Закарину (преминуо), Мстиславском (на силу), Белском (у прогонству), Годунову и Шујском. Годунов, оправдавајући се, говори о Схуискијевој бахатости да је он користио једину моћ у корист Русије, што такође доказује; додаје да је тежак задатак постављања фрустриране државе био управо Шујски. А кад Иван Петрович позове свог присташа митрополита, извјештава о Годуновим поступцима у корист цркве и увјерава Шујског да мир. Ирина, показујући своје везене поклопце за Псковску светињу, признаје да је то њен молитвени завет за спасење Шујског, којег су једном опколили Литванци у Пскову. Узбуђени Схуиски спреман је заборавити старо непријатељство, али од Годунова захтева гарантовање сигурности својим сарадницима. Годунов се закуне и пољуби крст. Они позивају изабране из гомиле коју је довео Шујски. Фјодор разговара са старцем и не зна како да га заустави, у нећаку препознаје трговца Красилникова, који га је недавно забављао борбом за медведа, сећа се свог брата Голуба, који је Шаховског победио у шакама - Годунов и Шујски нису одмах успели да врате цара ономе за што су га изабрали бирачи . Схуиски најављује помирење с Годуновом, трговци су забринути ("Помирите нам главе"), Схуиски је нервиран због свог неповерења у особу која се управо заклела на крсту. Трговци траже заштиту од краља Годунова, али он их шаље Борису. Борис тихо наређује да запишу имена трговаца.
Ноћу у башти Шујске принцезе Мстиславске и Василисе Волокхове чекају Шаховског. Долази, прича о љубави, о нестрпљењу са којим венчање чека, смеје јој се и шали се с њом. Красилников долази, пушта унутра, Шаховски се сакрива, позива Ивана Петровича и извештава да су сви који су били са царом били заробљени по Годуновом наређењу. Шокирани Шујски наредио је Москви да се подигне у Годунов. Наговестио је да се Димитри Головин нагло прекинуо, рекавши да га је Борис преварио у превари, отишао је цару. У међувремену, преостали дечаци расправљају о петицији, тражећи нову краљицу. Василиј Шујски зове принцезу Мстиславскују. Њен брат се није одмах одлучио, желећи да нађе барем разлог за свађу са Шаховским. Док оклева, Головин уписује име принцезе у молбу. Појављује се Шаховскаја, изјављујући да се неће одрећи младенке. Налазе се и принцеза и Волокхова. Општим криком, узајамним претњама и приговорима, Шаховскаја зграби писмо и бежи. Годунов представља државне царске новине у чији садржај не улази, али слаже се са Борисовим одлукама. Тсарина Ирина говори о писму Углицха од краљице Довагер са захтевом да се врати са Димитријем у Москву. Фиодор је случај поверио Борису, али Ирина је тражила од њега решење "породичне афере"; Федор се свађа са Борисом и нервира га његова упорност. Схуиски долази, жали се на Годунова. Он не откључава, објашњавајући да трговци нису узимани за прошлост, већ за покушај узнемиравања света између њега и Шујског. Цар је спреман да опрости Годунову, верујући да се једноставно нису разумели, али неумољиви захтев да се принц остави у Углицу коначно је бесан на цара. Годунов каже да је уступио место Схуиски-у, Федор га моли да остане, Схуиски, рањен царским понашањем, одлази. Клесхнин доноси писмо Головина Нагима послато из Углицха, Годунов га показује цару, захтевајући да Схуиски буде приведен и, по могућности, погубљен. У случају неуспјеха, пријети да ће отићи. Шокирани Федор након дугог оклевања одбија Годунове услуге.
Иван Петрович Шујски тјешио је принцезу Мстиславскују: неће јој дозволити да се уда за цара и нада се да их Шаховска неће обавијестити. Пославши принцези, он прихвата дјакове и бјегунце Красилников и Голубу и, претпостављајући уклањање осиромашеног Федора и устоличење Деметрија, одређује свачије задатке. Отуђени Годунов, седећи код куће, пита Клесхнина за Волохову и понавља више пута, "како би она разљутила принца". Клесхнин шаље Волохова у УГЛИЦХ нову мајку, наређује му да буде заштићена и наговештава да ће је принц који пати од патуља убити, а то неће тражити од ње. У међувремену, Федор не може схватити папире који су му представљени. Клесхнин стиже и извештава да се Борис разболео од фрустрације, а Схуиски мора бити одмах затворен због намере да подигне Деметрија на трон. Федор не верује. Улази Схуиски, коме Федор говори отказ и тражи од њега да се оправда. Кнез одбија, краљ инсистира, Клесхнин гура. Шујски признаје да се побуни. Фјодор, уплашен да ће Годунов казнити Шујског за издају, изјављује да је сам наредио да принца постави на престо и избаци шокираног Шујског из собе. Шаховска провали у краљевске одаје и затражи да му врате невјесту. Федор, видевши потпис Ивана Петровича Шујског, плаче и не слуша Ирине аргументе о апсурдности листа. Штити Ирину од увреда, он потписује Борисову наредбу, застрашујући и њу и Шаховског. На мосту преко реке, старац побуђује људе због Шујског, Хусар пева о његовој храбрости. Гласник јаше са вестима о напредовању Татара. Принц Туренин са стреличарима води Шујског у затвор. Народ, кога је старац потјерао, жели ослободити Схуискија, али он говори о својој кривици пред "светим" краљем и да заслужују казну.
Клесхнин извештава Годунова да су Шусиски и њихови присташе затворени и уводи Василија Ивановича Шујског. Окреће ствар као да је започео молбу за добро Годунова. Схвативши да је Схуиски у његовим рукама, Годунов га пушта. Тсарина Ирина долази заменити Ивана Петровича. Годунов, схвативши да се Шујски неће престати свађати са њим, непоколебљив је. На тргу испред катедрале просјаци говоре о промени митрополита који је противљив Годунову, о погубљењу трговаца који су стајали иза Шујског. Тсарина Ирина води Мстиславскуу да пита Схуискија. Федор излази из катедрале, послуживши молбу за царем Иваном. Принцеза се жури пред ноге. Федор шаље принца Туренина за Схуискија. Али Туренин извештава да се Шујски ноћу задавио, криви себе за превид (јер је пребијао гомилу коју је у затвор довео Шаховски, а пребијао је само пуцањем Шаховског). Федор јури на Туренина оптужујући га да убије Шујског и прети му погубљењем. Гласник доноси писмо Углицха о смрти принца. Шокирани краљ жели да сазна истину. Стиже порука о приближавању Кана и раној опсади Москве. Годунов нуди да пошаље Клесхнина и Василија Схуиски-а, а Федор је уверен у Годунову невиност. Принцеза Мстиславскаја каже да намерава да се ошиша. Фјодор ће, по савету своје жене, пренети читав терет владе на Бориса и, сећајући се своје намере да се "договори о свему, све изглади", оплакује његову судбину и своју краљевску дужност.