Роман се састоји од пет делова - сваки од њих говори о једном Господовом погубљењу које је пало на земљу, као што је пророк Езекиел предвидио.
Први део - „Примерка изгубљеног брата“ - говори о другом погубљењу - глади. Сцена је гладна Украјина у време колективизације; 1933. Марија, просјачка девојка, у сеоској чајници покушава да моли нешто за Христа ради ње, али нико јој је не даје - осим жидовског дечака који са њом дели нечисти хлеб изгнанства. Мештани су огорчени чином странца; девојкин хлеб се узима. Дечак који је дао свој хлеб је Дан, Аспид, Антикрист, брат Христа Месије. Кроз откривења пророка, он комуницира са Господом, који га је послао на земљу, у Русију, пошто је овај народ лагао Господа, напустио га - и тиме заменио дрвени јарам гвозденим јармом.
Девојчица Марија, заједно са млађим братом Васјом, враћају се у своје гладно село. Мајка одлучује да раздвоји породицу - да једно одбаци децу туђину, остави некога; одлази на посао у други град. Пре одласка води Марију и Васју у град; гладном детету странац поново послужује хлеб, али његова мајка избаци комад „не наш, неправославни“. Касније ће у граду деца поново затражити од Антикриста милостињу, али овог пута ће их зауставити полицајац - забрањено је просјачење.
Напуштена од стране деце, деца падају у пријемник. Њима је дат водич тако да се уз њихову помоћ могу вратити кући. На путу кондуктер сили Марију и бјежи. Деца опет одлазе у склониште; ноћу стражар им прича причу о "Божјем детету" о "Исусу Христу", који су Јевреји мучили. Мари је одведена из града. Девојка бежи; Једном сама у снежном пољу, она лута кроз њу плачући Божјим криком, од кога срце просветљује. Марија тражи старију сестру Ксенију, у њеној кући живи око годину дана. Једном када постане непотребан сведок породичних сцена (сестра вара свог супруга и љубавника), и враћа је у село. Ни тамо нико није срећан; плачући од неправде, Марија опет лута по пољу; тамо упознаје Ану, антихриста. На питање о узроку суза, девојка одговара: "зато што су јеврејски Јевреји убили Сина Божјега и он је сада на небу, а Васја, мој брат, на земљи, у граду Изум." Тако се обистинило Изаијино пророчанство: "Ја сам се објавио онима који нису питали за Мене, а они који су ме нашли нису ме тражили."
Мари одлази у Керцх, код мајке. Након неког времена, мајка умире, Мари постаје лучка проститутка. Једном, гладна, она поново упознаје Дана, он јој даје нечисти хлеб. Марија га плаћа својом љубављу. Антихрист иде даље; земља и људи због лагања Господу су предодређени за другу казну - мач. Марија, осуђена за проституцију и вртоглавицу, родила је сина, Васју, у затвору од Дана. 1936. умире.
Други део започиње дискусијом о опонашању Господа - инстинктивно или кроз ум. Аутор брани идеју да Јевреји нису бољи и нису лошији људи; али овај народ је изванредан по својим пророцима који су знали да слушају Господа. У „Параболи о агонији злих“, прича се девојци Аннушки. Живи у Ржеву са мајком и два брата; један од њих умире по кривици своје сестре. Једном кад лопови дођу у Аннушку; током истраге, девојка указује на невиног мушкарца - он је послан у затвор. Мајке добијају нови стан. Једном Дан, Антикрист долази у Аннушку. Испитујући зидне фреске (Аннушка живи у бившој цркви - због тапете на зиду се појављује Христово лице), размишља о чињеници да су црквени људи Христа заменили идолом, омалећеном од александријског монаха; сада, у пролеће 1941. године, овог монаха је с друге стране заменио "асирски слуга у купатилу" - Стаљин. Изнад колиба Ржева антихрист има визију мача - Господове речи се остварују: "Јао граду крви, и угасићу велику ватру." Рат почиње. Аннусхка мајка умире; девојка иде у сиротиште. Аннушка, која је успела да комуницира са Немцима током окупације, научила је да мрзи Јевреје. Дјевојчица из сиротишта Схуламитх јој смета. Увидјена у чињеницу да је Јеврејка током евакуације наишла на добру усвојену мајку, Аннушка обавести Немце да је Суламит не-Рус. Жидовка је убијена, Аннусхка је послата у Немачку, да ради. Пре поласка, Дан долази у воз и замоли девојку да у Немачкој наглас прочита лист папира који јој он даје. Антихрист мора проклињати Немце, као што је Господ једном проклињао Вавилон кроз Јеремију. Сам пророк не може ући у злу земљу.
Једна од жена која је украдена заједно са Аннушком моли Дена да јој узме дете, девојчицу Пелагеју. Немци, који су приметили Јевреја, покушавају да га убију, али немогуће је убити Антикриста.
Аннусхка испуњава Данову налогу - проклета је злобна Немачка, која мрзи Бога и своје вољене људе. Сама Аннусхка убрзо умире од грознице.
Радња „Успоредбе о прељубу“, која говори о трећем погубљењу - пожуди, догађа се 1948. Породица Колосов живи у граду Волга у Бору - војник из редова Андреја, његова супруга Вера и две ћерке, Тасиа и Устиа. У близини живи чудна јеврејска породица - Дан Иаковлевицх и његова ћерка Руфина, које су потпуно различите од Јевреје. Вера Копосова, чији је однос са супругом веома компликован (верује да му је супруга током рата била неверна), упознала се с Даном. Схвативши да не може директно завести Јевреја, са собом доводи своју кћер Тасју. Она се такође заљубљује у Дана, они се упознају. О тим датумима отац сазнаје. Заједно с преварантом Павловом покушавају убити Антикриста, али то није могуће. Фаитх долази к Дану и нуди јој заговор у замјену за спавање с њом. Антикрист, ћерка која воли, приморана је да прељубу изврши са својом мајком. Руфина се случајно испоставила као сведок њиховог састанка, а Тасиа све види и прича о гријеху мајке свом оцу. Прво покушава да убије своју жену, а онда тог дана умире од туге. Руфина у међувремену бежи у шуму; тамо ју је готово силовао језив антисемит Павлов; девојка се спашава само појавом два капаљка. Након искуства, Рутх схвата да је пророчица, и помирила се са оцем, проклетство очишћено од свог греха.
Четврти део, чија је основа „Парабола о болести духа“, говори о прогону Јевреја у раним педесетима. Приспоме претходи увод - ауторова рефлексија на руски антисемитизам. За ову духовну болест Бог шаље четврту казну - болест, кугу.
Двоје деце, Нина и Миша, из Витебска, долазе у Москву, у породицу Иволгин, коју чине јеврејски критичар уметности, његова руска супруга Клаудија и њихов син Савели. Они су Клаудијеви нећаци; њихови родитељи су ухапшени под оптужбом за бјелоруски национализам. Ориоли, људи који се плаше свега, који крију своје жидовство на сваки начин, напуштају своју децу. Породицу Иволгин прећутно су посматрала двојица њихових комшија из стана - јеврејски домар Дан Иаковлевицх и његова ћерка. У земљи у овом тренутку постоје масовна открића јеврејских космополитана. Кукавички Иволгин, који се покушавао заштитити од хапшења учествујући у прогону својих људи, такође је убрзо ухапшен. На првом испитивању, истражитељ га убија.
Након 1953., удовица Цлаудиа има новог обожаваоца - старца Иловаиског, разумног антисемита. Имао је дугу расправу с Даном о руском хришћанству. Као пример, старац разбија чашу: целина, то је једноставно; сломљен, постаје компликован. Дан, антихрист, сматра да је немогуће оспорити Иловајског - хришћанство је искривљено у грчким и средњовековним интерпретацијама. Реч о којој говори Јеванђеље по Ивану и Иловајском, у ствари само деградира смисао.
Предговор петог дела - „Примерка сломљеног калежа“ - ауторски је дискурс о односу између јудаизма и хришћанства. Јунаци петог дела су деца Антикриста од различитих мајки: Андреј Копосов, син Вере, Василиј Коробков, син Маријин, и Пелагеја-Рутх, пророчица, усвојена Данова ћерка. Васили, Андреи и Савели Иволгин студирају на Књижевном институту. Андреј сам долази до Библије схватајући њено значење - супротно хришћанском. Некада давно се млади људи зближавају на модној ревији у Третиаковској галерији; Пелагиа препознаје у милитантном антисемиту Василија сина свог оца. Он псује "Јевреје", прави скандал. Уверивши се да личи на свог оца, "Јеврејина", Василиј се обесио.
Андреја посећује његова мајка Вера Копосова. Каже му да је Дан син. Андреи, „добро семе“, упознаје свог оца; окупљена породица тихо слави јеврејски верски празник.
Полу-луд од неискрене пожуде, Савели ствара два "филозофска човека" у боци алхемике. У разговорима са њима, он учи одговоре на најважнија питања - о путовима ка Богу, истини, добру и злу, о рационалном оправдању вере у Бога. Напокон пада у лудило и превезен је у душевну болницу.
Пелагиа, која живи девица, осећа да је дошло време да постане жена. По узору на Лотове кћери, она заводи свог оца, Антикриста. Он, осећајући да се испуни план Господњи, силује је у пијаном стању. Пророчица Пелагија роди сина од Антихриста. Умре онај ко је на земљи учинио све што му је за њега одређено. Пре смрти, он упућује свог сина Андреја, који иде к Богу на најтежи начин - кроз ум, кроз сумњу.
Син Пелагија и антихрист, такође Дан, слуша док му мајка чита говоре пророка Поновљеног закона, много пре него што је Христ изразио исте идеје.
Андреи, Пелагиа са сином и Савелии, излечен, одлазе из града у шуму. Гледајући оштру зимску природу, они схватају суштину антагонизма Христа и Антикриста: први је заштитник грешника и прогонитеља, други покровитељ жртвама прогона. Приближавање за прогон приближава се петом најгорем погубљењу - жеђи према Господиновој речи од које Крист неће спасити.
