Марта 1865. У Сједињеним Државама током Грађанског рата, пет смеђаша Северина беже из Рицхмонда који су их балони ухватили. Страшна олуја баца их четверо на обалу ненасељеног острва на Јужној хемисфери. Пети човек и његов пас скривају се у мору крај обале. Овај пети - извесни Цирес Смитх, талентовани инжењер и научник, душа и вођа групе путника - несвесно држи своје другове у напетости неколико дана, који не могу нигде да нађу ни њега ни пса коме је посвећен. Бивши роб највише пати, а Смитхов сада одан слуга је црнац Наб. У балону су били и ратни новинар и Смитхов пријатељ, Гидеон Спилет, веома енергична и одлучна особа са вриштећим умом; морнар Пенцроф, добродушан и авантуристички одважан; Петнаестогодишњи Харберт Бровн, син капетана брода на којем је Пенцрофф пловио, остао је сироче и којега морнар третира као свог сина. Након напорне потраге, Наб коначно проналази свог необјашњиво сачуваног домаћина, километар од обале. Сваки од нових досељеника на острву има незаменљиве таленте, а под вођством Циреса и Спилета, ти храбри људи окупљају се и постају уједињена екипа. Прво, уз помоћ најједноставнијих средстава при руци, а затим производе у својим малим фабрикама све сложеније предмете рада и предмета за домаћинство, досељеници опремљају свој живот. Они лове, сакупљају јестиве биљке, остриге, а потом чак узгајају домаће животиње и баве се пољопривредом. Они себи уређују смештај у стени, у пећини ослобођеној од воде. Убрзо, захваљујући својим марљивим радом и интелигенцијом, колонисти више не познају потребу за храном, одећом, топлином и удобношћу. Имају све осим вести о својој домовини, чију судбину веома брину.
Једном, враћајући се у своје пребивалиште, названо од њих Гранитна палача, виде да мајмуни шећу унутра. Након неког времена, као да су под утицајем лудог страха, мајмуни почињу да искачу кроз прозоре, а нечија рука баца уже мердевине које су мајмуни подигли у кућу. Унутра људи проналазе другог мајмуна - орангутана, којег чувају и зову ујак Јупе. У будућности, Јупе постаје пријатељ, слуга и незамјењив помагач људима.
Неки други дан досељеници проналазе у песку кутију с алатима, оружјем, разним апаратима, одећом, кухињским прибором и књигама на енглеском језику. Насељеници се питају одакле та кутија може доћи. Са мапе, која се такође појавила у кутији, откривају да је поред њиховог острва, на мапи која није обележена, острво Табор. Морнар Пенцроф једва чека да иде к њему. Уз помоћ својих пријатеља гради бот. Када је бот спреман, сви заједно крећу на пробно путовање око острва. За време њега пронађу флашу са белешкама у којој пише да човек који пропадне из брода чека спас на острву Табор. Овај догађај јача Пенцроффово самопоуздање у посету суседном острву. Пенцроф, новинар Гидеон Спилет и Харберт отпловили су. Долазећи у Табор откривају малу бараку у којој, по свим показатељима, нико дуго није живео. Они се расују по острву, не надајући се да ће видети живу особу и покушавају да пронађу барем његове остатке. Одједном чују Харберта како вришти и жури му у помоћ. Виде се како се Харберт бори са неком врстом мајмунског узгоја. Међутим, мајмун се испостави као дивља човек. Путници га везују и одвозе на њихово острво. Дају му посебну собу у Гранит палати. Захваљујући њиховој пажњи и забринутости, дивљак се убрзо враћа у цивилизованог човека и прича им своју причу. Испада да му је име Аиртон, он је бивши злочинац, хтео је да преузме једрењак Дунцан и уз помоћ истих тегова друштва претворио се у гусарски брод. Међутим, његовим плановима није било суђено да се обистине, а као казну пре дванаест година остављен је на ненасељеном острву Табор, тако да ће схватити своје дело и искупити свој грех. Међутим, власник "Дунцана" Едуард Гленарван рекао је да ће се једног дана вратити за Аиртон. Досељеници виде да се Аиртон искрено покаје за своје прошле грехе и покушава да им на све начине буде користан. Због тога нису склони да га суде за прошло кршење и вољно га прихватају у њиховом друштву. Међутим, Аиртону треба времена и зато тражи прилику да живи у кораљу који су досељеници градили за своје припитомљене животиње, на некој удаљености од Гранитне палате.
Када се бота ноћу вратио у олују са острва Табор, спасила га је ватра, коју су, како су мислили, лебдећи на њој, запалили њихови пријатељи. Међутим, испоставило се да они нису били умешани у то. Такође се испоставило да Аиртон није бацио флашу нота у море. Насељеници не могу објаснити ове мистериозне догађаје. Они су све склонији идеји да, осим њих, на острву Линцолн, док су га крстили, постоји још неко, њихов мистериозни доброчинитељ, који често им притекне у помоћ у најтежим ситуацијама. Чак се упуштају у потрагу у нади да ће пронаћи његово место пребивалишта. Међутим, потрага завршава безуспешно.
Следећег лета (пошто је прошло већ пет месеци откако се Аиртон појавио на њиховом острву и док им није испричао своју причу и лето је прошло, а опасно је и једрити у хладној сезони), одлучују да се врате у Острва Табор оставити ноту у колиби. У напомени намеравају да упозоре капетана Гленарвана ако се врати да Аиртон и још пет жртава судара чекају помоћ на суседном острву.
Насељеници живе на свом острву већ три године. Њихов живот, економија достигли су напредак. Они већ беру богате усјеве пшенице узгојене из једног зрна, које је пронађено у Харбертовом џепу прије три године, саградили су млин, подигли живину, потпуно опремили своје пребивалиште, направили нову топлу одјећу и ћебад за себе од муфлонске вуне. Међутим, њихов миран живот засјенио је један инцидент који им прети смрћу. Једном, гледајући море, у даљини виде добро опремљен брод, али изнад брода лети црна застава. Брод се сидри уз обалу. Показује дивне пушке дугог домета. Аиртон се ушуљао у брод под окриљем ноћи да изведе извиђање. Испада да на броду има педесет пирата. Чудесно се скидајући с њих, Аиртон се враћа на обалу и говори својим пријатељима да се требају припремити за битку. Следећег јутра два брода се спуштају с брода. На првом, досељеници пуцају три, а она се враћа, други слети на плажу, а шест преосталих гусара на њој скрива се у шуми. Топови су ископани с брода, а он се приближава још обали. Чини се да ништа нема снагу да спаси шаку досељеника. Одједном се огроман талас провали под брод, и он тоне. Сви гусари на њему умиру. Као што се касније испоставило, брод је разнела мина, а овај догађај коначно убеди становнике острва да нису сами овдје.
У почетку, они неће истребити гусаре, желећи да им се пружи прилика да воде миран живот. Али испада да пљачкаши нису способни за то. Почињу пљачкати и палити домаћинства досељеника. Аиртон одлази до кораља да посети животиње. Гусари га хватају и одводе у пећину, где га желе мучити како би пристали да муче на њихову страну. Аиртон не одустаје. Његови пријатељи му иду у помоћ, али су озбиљно повређени у кораљу Харберта, а његови пријатељи остају у њему, не могући да се врате с младићем који је умро. Након неколико дана још увек одлазе у Гранитну палату. Као резултат транзиције, Харберт почиње злоћудну грозницу, он је на смрт. Опет, провиђење интервенише у њихове животе и рука њиховог доброг мистериозног пријатеља баца им потребан лек. Харберт се потпуно опоравља. Насељеници намеравају да задају последњи ударац гусарима. Они одлазе до кораља, где их намеравају наћи, али нађу Аиртона, који је исцрпљен и једва жив, и у близини, лешеве разбојника. Аиртон извештава да не зна како је завршио у кораљу, који га је довео из пећине и убио гусаре. Међутим, он преноси једну тужну вест. Пре недељу дана разбојници су отишли на море, али, не знајући како да контролишу робота, провалили су га на обалске гребене. Путовање до Табора мора се одложити до конструкције новог возила. Током наредних седам месеци мистериозни странац се не осећа. У међувремену, на острву се буди вулкан за који су колонисти мислили да је већ мртав. Они граде нови велики брод који би их, ако је потребно, могао испоручити у насељено земљиште.
Једне вечери, већ припремајући се за кревет, становници Гранитне палаче чују звоно. Телеграф који су провели од кораља до њихове куће ради. Хитно су позвани у кораљ. Тамо проналазе белешку у којој траже да иду уз додатну жицу. Кабл их води до огромног гротла где, на њихово чуђење, виде подморницу. У њему се сусрећу са својим господаром и њиховим заштитником, капетаном Немо, индијским принцом Даккаром, који се цео живот борио за независност своје домовине. Он, већ шездесетогодишњак који је сахранио све своје сараднике, је близу смрти. Немо даје новим пријатељима ковчег са драгуљима и упозорава да ће, кад ерупција вулкана, острво (таква је његова структура) експлодирати. Он умире, досељеници отварају поклопце брода и спуштају га под воду, а нови брод неуморно граде цео дан. Међутим, они немају времена да то доврше. Цео живот пропада током експлозије острва од којег је остао само мали гребен у океану. Насељеници, који су провели ноћ у шатору на обали, ваздушни талас бацају у море. Сви они, осим Јупе, остају живи. Више од десет дана седели су на гребену, умало од глади и више се ништа нису надали. Одједном виде брод. Ово је Дунцан. Свима спашава. Како се касније испоставило, капетан Немо, док је бот још увек нетакнут, лебдио је на њему Табору и оставио спасиоце белешку.
Враћајући се у Америку због накита који му је поклонио капетан Немо, пријатељи купују велики комад земље и живе на њему онако како су живели на острву Линцолн.