Један јапански индустријалац, под утицајем америчке моде, одлучио је започети изградњу појединачних атомских склоништа, али није успио успоставити масовну производњу, а једино саграђено склониште је напуштено. Пет година касније, грађевинска фирма је помоћу бункера као темеља подигла трокатницу, чија је задња страна била уз падину. У овој се кући уселио човек који је добровољно напустио друштво. У недавној прошлости био је лични секретар познатог политичара, оженио је своју ћерку и оглашавао атомска склоништа у грађевинској фирми коју је контролисао његов свекар.
Али једног лепог дана, узео је од своје супруге петогодишњег сина, којег су лекари сматрали ментално заосталим, и почео је да живи са дететом као пустињак у склоништу. Сам је именовао адвоката оних које је највише волео на овом свету - дрвећа и китова. Променио је име да би нагласио своју нову суштину и почео да се назива Ооки („моћно дрво“) Исана („храбра риба“). Бави се фотографијама китова, посматра двогледом за стабла која расту напољу. Да би био ближе природи, направио је рупу у поду бункера 30 × 30 центиметара и уронио у мисли, поставивши босих ногу стварну земљу. Исана је снимала гласове разних птица, а његов син Џин научио је да их тачно препозна: испоставило се да дечак има необично оштар слух.
Једном када се инцидент догоди у мочварној низини која се види кроз прозоре склоништа. Млада девојка заводи полицијског агента, а њени пријатељи га нападају и одузимају му пиштољ. Да би се спасио, агент одабере најслабијег нападача и, покушавајући да му наложи руку, док други кликне руком. Тинејџери су претукли агента, а дечак покушава да му одсече руку да би побегао. Полицијски агент откопчава лисице и бежи, а тинејџери дуго вриште за њим.
Угледавши да су дрвеће било прекривено младим лишћем и стекло осећај потпуне сигурности, Исана, духовно повезана са њима, такође се осећа заштићенима и напушта уточиште. И он се попут биљака буди из хибернације и тражи излаз за енергију која се накупила у њему. Заједно са Јин улази у аутобус и одлази у парк, али они стижу прекасно: парк је већ затворен и вожње не раде. Стражар им ипак недостаје, а у напуштеном парку срећу групу агресивних тинејџера, од којих један има завојену руку. Исана осећа несхватљив страх и жури да се врати у склониште. Одлазећи у продавницу и остављајући Џину код куће сама, Исана такође осећа страх. Има ноћне море ноћу. Има осећај да их склониште стално посматра. Једном када открије цртеж на зиду куће - круг и крст. Исана слика поред овог узорка очију. У близини куће среће девојку, која му нуди да спава у свлачионици познате глумице у напуштеном филмском студију, која стоји мало даље од мочварних низина. Исана не одговори ништа и одлази, а ноћу чује штуцање тинејџера на крову и брине се за Јин, чија се крхка ментална равнотежа тако лако поремети.
Следећег дана, Исана кроз двоглед гледа у рушевине филмског студија и на прозору павиљона види голу девојку. Одједном примети групу тинејџера који га оптужују да их шпијунира. Питају зашто Исана и Јин живе овде без икаквог разговора. Исана им објашњава да је адвокат за дрвеће и китове. Пријетећи одмаздом, тинејџери су присилили Исана да пусти Дјечака у његову кућу, тинејџера чија је рана почела да се гомила, и Инаго, ону дјевојку која је предложила Исану да спава с њом. Исана одлази у апотеку по лекове за пацијента, док Инаго пази на Јин. На Изаново изненађење, девојчица према беби поступа пажљиво и пажљиво.
Један од тинејџера, Такаки, говори Исани за стабло китова. Као дете Такаки је чуо за њега, сањао о њему, али га никада није видео. Назив „Китово дрво“ даје Исану топао осећај, почиње му се чинити и да такво дрво постоји. Враћајући се из апотеке, Исана пада са бицикла. Тинејџери се смију, уопште не мислећи да може бити повријеђен. Исана се диви њиховој суровости. Такаки стиже за Исаном у украденом аутомобилу и наставља причу о Китовом дрвету. Неколико дана касније, Такаки приказује Исану предмеморију тинејџера: сместили су се у напуштеном филмском студију. Демонтирали су шону, коју је један од њих требало да чува, делове су одвукли до једног од павиљона, и ту су је сакупили и почели да проучавају поморски посао, да би касније могао упловити. Тинејџери су уједињени у Унији слободних помораца и живе управо овде, опремљајући колибе у подруму.
Видјевши да је Такаки довео Исана, Дјечака, који се готово опоравио и вратио у шкапулару, жели да упуца "овог лудог човјека": нико други не би требао знати за њихов кеш. Исана се не боји смрти: Инаго се толико добро брине за дечака да може и без оца. Али Исана мора испунити своју мисију - да каже придошлицама из других светова да на земљи није владао човек, већ китови и дрвеће. У борби се плаши да ће их Исана пријавити полицији, али сви остали тинејџери препуни су самопоуздања у Исана и нуде му да им се придружи.
Човек по надимку Коротки, који већ има четрдесет година, тако да је чак старији од Исан-а, каже да се у тридесет пет година изненада почео смањивати и још увек се смањује. Заиста, његови удови изгледају предуго у поређењу са претјерано кратким тијелом. Послат је у психијатријску болницу, али је одатле побегао. Он нема места у свету обичних људи и осећа се нормално у друштву адолесцената. Слушајући Исаново размишљање о дрвећу и китовима, тинејџери долазе до закључка да он има оно што им недостаје: способност да изнесу своје мисли речима. Они верују да му може бити од користи његово одлично знање те речи.
Исана признаје тинејџерима своје грехе: кад је био његов секретар његовог свекрва, довео је дечаке, призивајући се његовим перверзијама. Једном су случајно убили дечака, а од тада Исана није знала мир. Као "стручњак за речи", Исан почиње да проучава енглески језик са тинејџерима, бирајући за ову "Моби Дицк" и Достојевског у преводу на енглески. У почетку се плаши да разговори старца Зосима изгледају превише морално за тинејџере, али они их слушају са великим занимањем, а реч „молитва“ их буквално привлачи. На Исаново изненађење, адолесценти су Јин-а веома волели и уживали у слушању озбиљне музике. Исана живи у ишчекивању краја света, а тинејџери чекају Велики потрес - имају много тога заједничког.
Тинејџере привлачи Савез слободних маринаца војник снага самоодбране - вољени Инаго. Желе да их научи како руковати оружјем. Исана тражи од своје супруге Наоби да нађе место на обали у којем би он и његови пријатељи могли да живе две до три недеље. Наоби проналази такво место за њих у Изуу, али Коротки се тамо издаје - фотографише војне вежбе Савеза слободних маринаца и продаје фотографије недељнику. Он жели натерати тинејџере да га убију, верујући да ће их злочин ујединити и претворити Савез слободних помораца у војну организацију. Тинејџери договарају суђење Короткију, током којег један од њих - Тамакицхи - случајно повређује Короткија. Увидјевши да је Кратка рана фатална, адолесценти одлучују да га погубе. Свака од њих баци камен на њега. Исана и војник стоје одвојено. Војник, зграби напуњену митраљезу и баци Инагоа, седи на мотору и побегне, тинејџери су кренули у потеру. Један од њих - Тамакицхи - баца гранату на рибарску стипендију. Шона се пали и сумња пада на војника. Војник почини самоубиство. Инаго постаје Исанина љубавница, Исан, Дзини, Инаго се враћају у Токио, у уточишту. Тамо их срећу тинејџери: уништавају филмски студио, нису имали камо отићи, а након разбијања прозора попели су се у Исаново склониште.
У павиљону у филмском студију водила се само једна битка: он никада није пристао да напусти школарину. Тако да она не падне у погрешне руке, он је диже у ваздух. Радници који су уништавали филмски студио претукли су Дечка. Тамакицхи одводи умрлог другара на клинику на Токијском универзитету и оставља га у аркади. Тинејџери размишљају шта даље. Исана тражи од Наоби да помогне добити новац за брод који ће пловити с тинејџерима. Наоби се сама кандидирала за изборе, а Исана се нада да би било исплативије да њен муж и син пливају у мору, штитећи китове, уместо да седе у атомском уточишту. Наоби обећава да ће грађевинској компанији понудити да Исану купи склониште и земљиште - приход ће бити довољан за планирано предузеће. За сваки случај, адолесценти праве залихе хране - ако ће их опсједати, требат ће им у склоништу, али ако се очекује да ће испловити, узеће их са собом. Како не би угрозили дете, тинејџери нуде Исану и Јин да напусте склониште, али Исана жели да обавести своју жену да су она и Јин узете као таоце - тада ће јој сигурно дати брод на располагање. Полицијска возила су видљива са прозора склоништа. Моторизовани одред је опколио зграду. Тинејџери пуцају, полиција је испалила сузавац. Они позивају опкољене да се предају.
Тинејџери чекају долазак Исанове супруге. Наоби стиже, али тврди да чак ни у име живота свог детета неће склапати посао са криминалцима. Тинејџери се храбро боре, али моћ није на њиховој страни и умиру један за другим. Постаје јасно да им брод више не треба: још увијек нису могли пловити, јер су погинули навигатор и радио оператер. Тамакицхи се намерава борити до краја, али не жели да Савез слободних помораца нестане без трага. Позива Такакија да га напусти и оживи. Исана даје оставку на месту стручњака, према Савезу слободних маринаца, сада је у потпуности посвећен дужностима адвоката за китове и дрвеће. Такаки признаје да је његова прича о Китовом стаблу измишљотина, али Исана приговара да, чим не може отићи у Такакијеву кућу и уверити се у то, ништа га не спречава да верује да дрво китова постоји. Такаки са белом заставом напушта склониште, затим Инаго са Јином у наручју и лекаром (бившим студентом медицинског института). Док иду до аутомобила, полиција их је претукла.
Када аутомобил одвезе оне који су се предали, ватрогасно возило са дизалицом довезу се до склоништа и почиње да руши зграду. Само су Исана и Тамакити остали у склоништу. Исана се спушта у бункер. Спустивши ноге на земљу, слуша филм с врисковима китова. Вода туче фонтану: бацила ју је ватрогасна машина, процурила је испод темеља и зачепила се на месту где је била рупа у поду. Поклопац шахта се диже, чују се пуцњи. Исана пуца у леђа. Вода се диже све више и више. Обраћајући се душама дрвећа и китова, Исана им шаље задњи опроштај и умире.