На дан венчања на Борису на престолу, бојари израчунавају плодове своје владавине: сузбијену кугу, завршени ратови и жетве. Запрепаштени су колико дуго је Годунов морао да га наговори да преузме власт, а само претња екскомуникацијом је на то присиљавала. Борис се враћа из катедрале, намеравајући да прими амбасадоре. Воеиков најављује победу над сибирским каном. Енглески амбасадор нуди младенку Тсаревицх Федору; папски нунциј - споразум о уједињењу цркава; Аустријски, литвански, шведски, фирентински амбасадори с поштовањем моле некога за помоћ у новцу или трупама, ко за признавање њихове имовине. Перзијски и турски амбасадори оптужују једни друге за напад на Иберију, амбасадор иберијског краља тражи заштиту. Краљ даје одговарајући одговор свима, пун достојанства и снаге, и наређује свима да буду дозвољени у краљевске одаје ("Нема препрека између руског народа и цара!"). Остављен сам, Борис победи и, сећајући се принчеве смрти, одлучује: тада је неизбежна цена за величину државе. Убрзо након тога, док је у манастирској ћелији Ирина чекала да јој сече коса, Борис слуша извештаје Семјона Годунова за Романове, који су незадовољни отказивањем празника Светог Ђорђа; против Василија Шујског, лукавог и непоузданог слуге, али увереног у своју снагу, не жели никога да казни. Појави се Ирина, а Борис, подсећајући је на његове колебање на путу ка власти, тражи да га оправда и призна да је просперитет Русије вредан неистине кроз коју је постао краљ. Ирина, одобравајући његово краљевство, захтева да не заборави своју кривицу и не опрости себи. Остављени са својим, они су део.
У палати деца Бориса, Фјодора и Ксеније слушају приче о Кристијану, данском војводи, Кссенијином заручнику - о тешком детињству, о повратку на двор, о биткама у Фландрији са шпанским трупама, али када се Федор жали на његову беспосленост, хришћанин примећује да његов положај, који му омогућава да студира владавине под мудрим сувереном, много је вреднији. Кристијан говори како је волео Ксенију према причама амбасадора, трговаца и заробљеника, који су величином Русије славили лепоту, интелигенцију и кроткост принцезе. Почињу да причају о Борису, а сви се слажу у љубави према цару, који се заборавља на славу и добробит државе. Сва тројица се заклињу да ће помоћи једни другима. Кристијан тражи од Бориса, који је ушао у случају рата, да дозволи руским трупама да воде, али цар је обесхрабрује мир који је дошао годинама. Деца одлазе, а Семјон Годунов, који је дошао, објављује гласине о чудесно спашеном принцу Димитрију. У својим одајама, Тсарина Мариа Григориевна пита чиновника Власиев о хришћанству и, без обзира колико је Јулија Власјев, сазнаје да постоји осећај да краљ није његов отац, а старији брат, који сада влада, не воли га. Не успевајући да обећа од чиновника да ће сведочити Борису, она зове Дементјевну и са све већом раздраженошћу сазнаје да је Ксенија седела са братом и младожењем, а цар поздравља нове обичаје. Царина која је дошла до Волохова жали се да је Борис зграбио Ксенију за Немце не питајући је, а Немци су, изгледа, укључили принцезу. Волокхов се обавезује да ће божански одређивати снагу хришћанина и срушити га („Постоји такав корен“). У шуми, у пљачкашком логору, Атаман Кхлопко прихвата ново надокнађивање сељака, проклињући Бориса и укинувши Дан Светог Ђорђа. Појављује се Посадски, који без икаквог страха захтева да ослободи своје пратиоце заробљене од стране пљачкаша на путу према Москви и извештава истините вести о појављивању Цсаревицх Димитри. Посадски победи Хлопа да оде у Брианск и тамо, малтретирајући Тсаревич-ове трупе, добије опроштај и бори се против Годунова. Појави се Митка, повлачећи два одбегла монаха, Михаила Повадина и Гришку Отрепјеву, који траже да се придруже памучној војсци. Кад је Посадски, забављајући пљачкаше борбом са Митком и наредио да ископају бачве са вином, изненада нестао, испоставило се да монаси који су ходали с њим не знају ко је он.
Борис је приморан да призна да га је појава новог непријатеља гурнула на крвави пут. Семион Годунов, оптужен да је открио ко се крије иза имена Деметриус, каже да није знао ништа по цијену мучења. Они траже име Грисхке Отрепиев, одбеглог чудовишта, како би некако преименовали непријатеља. Борис наређује да умноже шпијуне и пронађу доказе о Романовима, а, уз то, због непрестане глади, предају благајну људима, заповедајући му да не слуша бајке о принцу. Тсаревицх Федор тражи да га пошаље у трупе, Тсаревна Ксениа оплакује промену Бориса и његову суровост; Хришћанин пита да ли је Борис сигуран у Тсаревићеву смрт и понавља гласине. Деца одлазе, појављује се краљица, пуна каустичности и раздражености код хришћанина, тумачећи са децом о „краљу“. Краљ остаје глух на њен захтев да пошаље хришћана. Семјон Годунов извештава о брзом напредовању издајника, о пребацивању трупа у њих и о тврдоглавом отпору Басманова. Василиј Шујски позива Бориса да сам пође у трупе или да пошаље краљицу крштења да сведочи о смрти свог сина. Наредивши Схуискиу да руга језике онима који шире гласине, Борис шаље Димитрија за мајку. У кући Федора Никитића Романова, браћа Романовс, Ситски, Репнин и Цхеркасски пију за кнеза. Схуиски стиже, извјештава о Борисовој наредби, поставља се питање о претрази у Углицху, одговара неодређено. Семион Годунов са стреличарима, оптуживши публику да жели отров сувереника отровом, одводи све у притвор, опремивши Василија Шујског да спроведе испитивање. Борис је, размишљајући сам о испуњеном предвиђању („Убијен, али жив“), који је дошао Шујском наредио да се изјасни са чела да је и сам видео трупло цара у Угличу. У међувремену, саветници гурају Кристијана, објашњавајући му да треба да одбије да се уда за Ксенију, да се Борис издао са страхом, да је Ксенија ћерка негативца и слуге. Кристијан, осећајући приближавање лакоћи, верује у Борисову кривицу, не зна о чему да одлучи. Долази Ксениа, а он збуњен речима и мислима, говори о неизбежној раздвојености, а затим је позива да побегне од њега од оца убице. Фјодор, који је тихо ушао, залаже се за свог оца, они ће се борити, Ксенија, плачући, подсећа на заклетву коју су једни другима давали. Кристијан је мазио и, сматрајући да је болестан, Ксенија и Федор га воде.
На Црвеном тргу детективи слушају разговоре људи који ходају из реквиема за Тсаревицх Димитрија (тамо је проглашена Гримка). Провоцирајући, интерпретирајући говор на начин који им одговара, детективи грабе готово све заредом. Василиј Шујски из места погубљења говори двосмислено говорећи о непријатељу који напредује и говори о потрази у Углицу, тако да остаје нејасно ко је убијено дете. Отприлике у то време, принчева мајка, доведена из манастира, сада часна сестра Марта, чекајући Бориса и желећи освету, одлучује да препозна преваранта као сина; каже да није видела свог мртвог сина, изгубила је осећања, а код спомен-службе сузе су јој прекриле очи. Чувши за знакове Тсаревича који се појавио, признао је да је чудом спашен и жив. Тсаритса Мариа Григориевна, желећи да осуди превару, уведе Волохова. Издаја је туга која је обузела Марту кад је угледао убицу њеног сина, али она одбија јавно признати Деметријеву смрт. Убрзо, лекар извештава Бориса о погоршању Кристијановог здравља и о његовој немоћи. Семјон Годунов доноси писмо Димитрија Иоанновицх-а у којем је Борис највише притиснут обећаном милошћу у случају добровољног одрицања од престола, а самим тим и поверења лопова у универзалну подршку. Борис захтева да доведу краткодлаког Клесхнина како би били сигурни у смрт принца. Име му је хришћанство и он ускоро обавештава Ксенију и Федора о својој смрти.
Двоје стражара, носећи ноћну стражу у престолској комори, скривају се од страха кад се појави бесани Борис. Неко замисли нечију слику на престолу и, проналазећи чуваре, шаље их да провере ко тамо седи. Семион Годунов доводи Клесхнина, који потврђује смрт Димитрија, подсећа да се ближи термин Борисове владавине, који су предвидели мудраци, позива га да се покаје и напусти манастир. Ујутро, након што је добио информације од Басманова који су стигли о делимичној победи над „лоповом“, Борис говори Федору о потреби да се уда за престо и заклетви на коју ће се поднети бојари. Федор одустаје од престола, јер није сигуран да „лопов“ није Деметриус. Борис смислено нуди да представи Федору неспорне доказе о Тсаревичевој смрти, а он, разумејући злочин свог оца, ужаснуто одбија доказе и изјављује да ће прихватити круну. У трпезарији, чекајући Басманова и цара, бојари проклињу обојицу и размењују вести о "кнезу". Басманов улази, жалећи се на своју непримерену екскомуникацију. Борис се појављује са децом. Борис награђује Басманова. Бојари, приметивши Ксенију тугу, сажале се над њом и питају се шта да учини са њом, "кад он дође у краљевство." Борис захтева заклетву на верност Федору и одобрење те заклетве у катедрали, губи снагу и пада. С опћом збрком изјављује да узрок његове смрти није отров, већ туга, залаже се бојарима да положе заклетву, подсећа да ће се „само зло родити од зла“ и, проглашавајући Федора краљем, одлази
