У кући богатог швапса Алверти, где живи са сестром Бридгет, бацају бебу. Скуире, који је пре неколико година изгубио жену и децу, одлучује да одгаја дете као свог сина. Убрзо успева да нађе мајку пронађеног, сиромашну сеоску жену Џени Јонес. Олверти не успева да научи од ње име дечакова оца, али пошто се Јенни покаје због свог чина, веверица не преноси случај на суд, већ само избацује Јенни из родних места, након што су јој посудили велику своту. Алверти наставља да тражи оца детета. Његова сумња пада на сеоског учитеља Партридгеа, од кога је Јенни дуго времена држала часове латинског. На Олвертијево инсистирање, случај се изводи на суд. Супруга учитеља, која је дуго била љубоморна на њега због Јенни, оптужује свог супруга за све смртне грехе, и нико не сумња да је учитељ отац дечака. Иако Партридге сам негира везу са Јенни, оглашен је кривим, а Алверти га протера из села.

Скуирерова сестра, Бридгет, удаје се за капетана Блитхеа и они имају сина. Том Јонес, младунче који је освојио љубав према Алвертију, одрастао је са младим Блифил-ом, али похлепни и завидни капетан, који се плаши да ће Алверти-ово богатство отићи на младунче, мрзи га, покушавајући да на било који начин дискредитује дечака у очима свог именованог оца. Након неког времена, капетан изненада умире, а Бридгет постаје удовица. Од раног доба Том се не разликује у огледном понашању. За разлику од Блифила - изван година суздржаног, побожног и марљивог - Том не показује ревност у учењу и његова заблуда стално узнемирава Алверти и Бридгет. Упркос томе, сви у кући воле младића због његове љубазности и одзивности. Блифил никада не учествује у Томиним играма, али осуђује његове трикове и не пропушта прилику да се јави због неприкладног провода. Али Том се никада не љути на њега и искрено воли Блифила као брата.

Том је од детињства био пријатељ са Софијом, ћерком Алвертијеве комшије, богате западне муштерије. Проводе пуно времена заједно и постају нераздвојни пријатељи.

За одгој младића Алверти позива теолога Твацома и филозофа Скуиреа у кућу, који својим ученицима постављају један услов: они морају безумно да покидају своје лекције и немају своје мишљење. Од првих дана Блифил добија њихову симпатију, јер пажљиво памти све њихове упуте. Али Тома не занима понављање заједничких истина након бахатог и арогантног учитеља и он проналази друге активности за себе.

Том проводи сво слободно вријеме у кући просјачког чувара, чија породица умире од глади. Младић, колико год је то могуће, покушава помоћи несретницима дајући им сав свој џепарац. Сазнавши да је Том продао своју Библију и коња, који му је поклонио Алверти, и дао новац чуварској породици, Блифил и обојица учитеља бијес су наљутили младића, сматрајући његово дело достојним укора, док је Алвертија дирнуо љубазност његове вољене. Постоји још један разлог због којег Том проводи толико времена са породицом чувара: он је заљубљен у Молли, једну од његових ћерки. Безбрижна и неозбиљна девојка одмах прихвата његово удварање и ускоро њена породица сазнаје да је Молли трудна. Ова се порука тренутно дистрибуира широм жупаније. Сопхиа Вестерн, која је дуго вољела Тома, очајна је. Он, навикнут да у њој види само девојку његових игара из детињства, тек сада примећује како цвета. Непознат за себе, Том се све више и више везује за девојку, а с временом се та везаност развија у љубав. Том је дубоко несрећан јер схвата да је сада дужан да се ожени Молли. Међутим, ствари полазе неочекивано: Том хвата Молли у наручју свог учитеља, филозофа Скуиреа. Након неког времена, Том сазнаје да Молли уопће није трудна од њега, те стога себе сматра слободним од било каквих обавеза према њој.

У међувремену, Скуире Алверти је озбиљно болестан. Осећајући приступ краја, он издаје последње наредбе о наслеђивању. Само је Том, који страствено воли свог именованог оца, неумољив, док су сви остали, укључујући Блифил, забринути само због свог удела у наслеђу. Гласник долази у кућу и доноси поруку да је Бридгет Алверти, која је била неколико дана удаљена са имања, изненада умрла. До вечери истог дана, веверица постаје лакша и он се очито опоравља. Том је толико срећан да чак ни Бридгетина смрт не може засјенити његову радост. Желећи да прослави опоравак именованог оца он се напије пијан, што изазива осуду других.

Скуире Вестерн жели оженити своју кћер за Блифил. Ово му се чини изузетно профитабилним, будући да је Блифил наследник већине богатства Алвертија. Чак и не занима мишљење његове ћерке. Вестерн се жури да од Алвертија добије пристанак за брак. Већ је одређен дан венчања, али Сопхиа неочекивано за оца му објави да никада неће постати Блифилова жена. Љутити отац закључава је у соби, надајући се да ће се предомислити.

У ово време Блифил, који је потајно мрзио Тома од детињства, јер се плашио да ће већина наследства отићи на младунче, подмукао план сазрева. Згушњавајући то, он говори кваси о Томином понашању на дан кад је Алверти био близу смрти. Пошто су сви службеници били сведоци дивље забаве Типси Том, Блифил успева да убеди Скуире да је Том био срећан због његовог непосредног смрти и да ће ускоро постати власник значајног богатство. Вјерујући Блифилу, бијесна вјеверица отјера Томе из куће.

Том пише Софији опроштајно писмо, схвативши да, упркос страственој љубави према њој, сада кад је осуђен на лутање и просјачки живот, он нема право да рачуна на њену локацију и тражи је за руку. Том напушта имање, намеравајући да оде к морнарима. Сопхиа, очајнички молила свог оца да се не уда за њеног омраженог Блифила, бежи од куће.

У провинцијском хотелу Том случајно упознаје Партридгеа, истог учитеља којег је Алверти једном послао из свог села, сматрајући га оцем младунчета. Партридге увјерава младића да је страдао невинашце и тражи дозволу да прати Тома на његовим лутањима.

На путу за град Уптон, Том је из руку силоватеља спасио жену, извјесну госпођу Ватерс. У градском хотелу га је лако завела госпођа Ватерс која се одмах свидела згодном Тому.

У то време, Сопхиа, која се упутила у Лондон, надајући се да ће наћи уточиште код старог пријатеља њихове породице, такође се зауставила у хотелу Ептон и пресрећна је сазнала да је Том међу гостима. Међутим, кад је чуо да ју је преварио, љута девојка, као знак да зна све о понашању свог љубавника, оставља рукав у својој соби и оставља Уптона у сузама. Срећом случајности у истом хотелу је боравила и рођакиња Сопхиа, госпођа Фитзпатрицк, која је побегла од свог мужа, негативца и пијавице. Она позива Софију да се сакрије од својих прогонитеља. У ствари, одмах по бекству бегунаца, љути отац Сопхиа и господин Фитзпатрицк стижу у хотел.

Ујутро, Том схвата зашто га Сопхиа није желела видети, и у очају напушта хотел, надајући се да ће се ухватити у коштац са вољеном и добити јој опроштај.

Сопхиа проналази Лади Белластон у Лондону. Срдачно поздравља девојку и, чувши њену тужну причу, обећава јој помоћ.

Том и Партридге такође ће ускоро стићи у Лондон. Након дуже потраге, Том успева да нападне траг свог љубавника, али њен рођак и лади Белластон спречавају га да се састане са Сопхиа. Лади Белластон има своје разлоге за то: упркос чињеници да је погодна за Томину мајку, она се страствено заљубљује у њега и покушава завести младића. Том нагађа шта дама жели од њега, али упркос томе не одбија да се сретне с њом и чак прихвата новац и поклоне од ње, јер нема избора: прво, нада се да ће открити где је Сопхиа, и друго Нема средстава за живот. Међутим, у вези са Лади Белластон, Том успева да задржи дистанцу. Коначно, Том случајно упознаје своју вољену, али она, чувши гаранције вечне љубави и верности, одбацује Тому, јер му не може опростити издајство. Том је у очају.

У кући у којој Том и Партридге изнајмљују собу, живи господин Нигхтингале, са којим је Том одмах постао пријатељ. Нигхтингале и Нанци - кћерка њихове љубавнице, госпођа Миллер, воле се. Том од пријатеља сазнаје да је Нанци трудна од њега. Али Нигхтингале се не може оженити јер се боји свог оца, који је за њега нашао богату младенку и, желећи да преузме свој мираз, инсистира на хитном венчању. Нигхтингале се покорава судбини и потајно одлази од госпође Миллер, остављајући Нанци писмо које јој објашњава разлоге њеног нестанка. Том од госпође Миллер сазнаје да је њена Нанци, која страствено воли Нигхтингале, примивши опроштајно писмо, већ покушавала да се ухвати за себе. Том одлази код оца свог фриволног пријатеља и најављује му да је већ ожењен Нанци. Ноћна сестра се одриче неизбежности, а госпођа Милер и њена ћерка журно се припремају за венчање. Од сада, Нанци и њена мајка Тома сматрају својим спаситељем.

Лади Белластон, лудо заљубљена у Тома, непрестано захтева састанке од њега. Схватајући колико јој дугује. Том је не може одбити. Али њено узнемиравање убрзо му је постало неподношљиво. Фоундлинг понуди својој пријатељици паметан план: мора јој написати писмо са понудом за брак. Будући да Лади Белластон води рачуна о свету и не усуђује се удати за мушкарца који има пола година, биће приморана да одбије Тому, а он ће, искориштавајући то, имати право да прекине све односе с њом. План успева, али љута дама одлучује да се освети Тому.

Софију, која и даље живи у својој кући, уређује богати лорд Фелламар. Понуди јој понуду, али добија одбијање. Лудачка дама Белластон објашњава господару да је девојка заљубљена у лошу скитницу; ако господар успе да се ослободи свог ривала, Софијино срце ће бити слободно.

Том долази у посету госпођи Фитзпатрицк да разговара са њом о Софији. Остављајући кућу, он се сусреће са свог мужа. Огорчени љубоморни који је напокон напао траг бјегунаца и открио гдје живи, узима младића за свог љубавника и вријеђа га. Том је приморан да извуче свој мач и прихвати изазов. Када Фитзпатрицк падне, пробијен Томиним мачем, изненада их окружује група од десетине добрих момака. Хватају Томе, предају полицајца и он иде у затвор. Испада да је Фелламар послао неколико морнара и наредио им да регрутују Тома на броду, дајући им до знања да се жели ријешити њега, а они су, ухвативши Тома током борбе, када је ранио противника, одлучили да Тома предају полицији.

Сопхијин отац, г. Вестерн, долази у Лондон. Он проналази своју ћерку и најављује јој да ће, док Алверти и Блифил стигну, девојка бити у кућном притвору и чекати венчање. Лади Белластон, одлучивши се осветити Тому, показује Сопхији своје писмо с понудом за брак. Убрзо, девојка сазнаје да је Том оптужен за убиство и налази се у затвору. Алверти стиже са својим нећаком и зауставља се код госпође Миллер. Олверти је њен дугогодишњи добротвор, увек је помагао сиромашној жени када јој је умро муж, а она је остала без средстава са двоје мале деце у наручју. Сазнавши да је Том усвојени син вјеверника, госпођа Милер му говори о племенитости младића. Али Алверти и даље вјерује у клевету, а похвале на њему нису га дирале.

Нигхтингале, госпођа Миллер и Партридге често посећују Томе у затвору. Убрзо му је дошла иста госпођа Ватерс, лежерна веза с којом је дошло до неслагања са Софијом. Након што је Том напустио Елтон, госпођа Ватерс је тамо упознала Фитзпатрицка, постала његова љубавница и отишла с њим. Сазнавши од Фитзпатрицка о недавном сусрету са Томом, пожурила је да посети несрећног затвореника. Тому је лакнуло када је сазнао да је Фитзпатрицк сигуран и здрав. Партридге, који је такође дошао у посету Тому, каже му да је жена која себе назива госпођом Ватерс заправо Јенни Јонес, Томова мајка. Том је престрављен: са сопственом мајком је грешио. Партридге, који никада није знао како затворити уста, каже Алвертију о томе и он је одмах позвао госпођу Ватерс на њу. Представљајући свом бившем господару и сазнавши од њега да је Том она иста беба коју је бацила у кућу са чучмарима, Јенни напокон одлучује да каже Алвертију о свему што зна. Испоставило се да ни она ни Партридге нису умешани у рођење детета. Томин отац син је Алвертијевог пријатеља, који је некада живео у кући вјеверица годину дана и умро је од малих богиња, а мајка није нитко други него сестра чучњева, Бридгет. Уплашена од уверења свог брата, Бридгет је сакрила од њега да је родила дете, и за велику накнаду убедила је Јенни да баци дечака у њихову кућу. Стара слуга из Алвертија, чувши да је чучавац сазнао целу истину, признаје власнику да је Бридгет на смртном кревету открила њену тајну и написала брату писмо које је предао господину Блифилу, јер је Алверти у том тренутку била без свести. Тек сада Алверти нагађа о Блифилиној издаји, која је, желећи да искористи државу веверице, сакрила да су он и Том браћа. Алверти ускоро добија писмо бившег учитеља дечака, филозофа Скуиреа. У њему обавјештава швапу да лаже да умире и сматра да је његова дужност да му каже цијелу истину. Скуире, који никада није волио Тома, искрено се покаје: знао је да Блифил клевеће на Тома, али, уместо да излаже Блифила, радије је ћутио. Алверти сазнаје да је један Том био неумољив кад је шверц био између живота и смрти, а разлог тако бешћутне радости младића био је управо опоравак његовог именованог оца.

Сазнавши целу истину о свом нећаку, Алверти се искрено покаје због свега што се догодило и псује незахвалног Блифила. Пошто Фитзпатрицк није оптужио Тома за било какве оптужбе, пуштен је из затвора. Алверти се извињава Тому, али племенити Том не окривљује скворе за ништа.

Нигхтингале каже Софии да се Том неће намеравати оженити дамом Белластон, јер је управо он, Нигхтингале, позвао Тому да јој напише писмо које је видела. Том долази к Софији и поново је пита за њену руку. Скуире Вестерн, сазнајући за Алвертијеву намеру да Томе учини наследником, радо даје пристанак на њихов брак. Након венчања, љубавници одлазе у село и живе срећно далеко од градске вреве.