У делу - две приче, од којих се свака развија независно. Радња се одвија у Москви неколико мајских дана (дани пролећног пуног месеца) тридесетих година. КСКС века, друга акција се такође одиграва у мају, али у граду Иерсхалаим (Јерусалим) пре готово две хиљаде година - на самом почетку нове ере. Роман је изграђен на такав начин да се поглавља главне приче преплићу с поглављима која чине другу причу, а та уметања поглавља су или поглавља из мастер-овог романа, или прича о очевидцу догађаја Воланд-а.
Једног од најтоплијих мајских дана у Москви појави се неко Воланд, представљајући се као специјалиста црне магије, али у ствари он је сотона. Прати га необична пратња: лепа вештица-вампирица Гелла, дрхтави тип Коровиева, познат и као Фагот, суморни и злобни Азазелло и смешни дебели дебели Бехемотх, који се углавном појављује пред читаоцем у крилу црне мачке невероватне величине.
Први који су Воланда срели на Патријарховим базама су уредник дебелог уметничког часописа Михаил Александрович Берлиоз и песник Иван Бездомни, који су написали антирелигијску песму о Исусу Христу. Воланд се умешао у њихов разговор тврдећи да је Христ заиста постојао. Као доказ да постоји нешто ван људске контроле, Воланд предвиђа да ће руска комсомолска девојка одсећи Берлиозовој глави. Пред шокираним Иваном Берлиоз одмах пада под трамвај који контролише комомска девојка, а глава му је одсечена. Иван безуспешно покушава прогонити Воланда, а затим се, појављујући се у Массолиту (Московско књижевно удружење), толико збуњујуће наводи редослед догађаја да је одведен у ванградску психијатријску клинику професора Стравинског, где упознаје главног јунака романа - мајстора.
Воланд, стигавши у стан број 50 куће 302 бис у улици Садоваиа, који је покојни Берлиоз заузео позоришним редитељем Вариетеом Степаном Ликходеев-ом, и проналазећи последњег у стању озбиљног мамурлука, представља му уговор који је потписао он, Ликходеев, за Воландову представу у позоришту, а затим га отјера из стана, а Стиопа необјашњиво завршава у Јалти.
Никанор Иванович Босој, председавајући Стамбеног партнерства бр. 302 бис, стиже у стан бр. 50 и проналази Коровиева, који тражи да овај стан изнајми Воланди, пошто је Берлиоз умро, а Ликходеев био у Јалти. Након много убеђивања, Никанор Иванович се слаже и добија од Коровиева више од хонорара предвиђеног уговором, 400 рубаља које сакрије у вентилацији. Истог дана дошли су код Никанор Иванович са налогом за хапшење због чувања валуте, пошто су се те рубље претвориле у доларе. Запањен Никанор Иванович пада у исту клинику професора Стравинског.
У овом тренутку, финансијски директор Вариете Римски и администратор Варенукха безуспешно покушавају телефоном пронаћи несталог Ликходеева и збуњени су, примајући од њега телеграме из Јалте са једним захтевом да пошаље новац и потврди идентитет, јер га је хипнотизер Воланд напустио у Јалти. Одлучивши да је ово глупа шала Ликодејева, Римски, прикупивши телеграме, шаље Варенукху да их одведе „где год је потребно“, али Варенукха то не чини: Азазелло и мачка Бехемотх, зграбивши га за руке, доведу Варенукху у стан број 50 и пољуби је. гола вештица Гелла Варенукха лишена је осећаја.
У вечерњим сатима на сцени Вариете Тхеатра почиње представа у којој су учествовали велики мађионичар Воланд и његова пратња. Фагот са пуцањем пиштоља изазива новчану кишу у позоришту, а цела дворана хвата падајуће комаде злата. Тада се на позорници отвара „женска радња“, где се свака жена из седишта у хали може бесплатно обући од главе до пете. Ред је постављен тамо, међутим, на крају представе, кравонети се претварају у комаде папира, а све купљено у „женској радњи“ нестаје без икаквог трага, присиљавајући лаковјерне жене да јуре улицама у доњем вешу.
Након представе, Римски се задржао у својој канцеларији, а Геллин пољубац претворио је у вампирицу Варенукху. Видјевши да не баца сјену, Роман се смртно плаши и покушава побјећи, али вампирица Гелла долази у помоћ Варенукха. Руком прекривеном трулом мрљом покушава да отвори пролазни прозор, а Варенукха чува врата. У међувремену, долази јутро, чује се први вапај пијетаоа, а вампири нестају. Не изгубивши ни једног минута, Римски је смјеста позеленио такси, пожурио према станици и одлазио брзим возом у Лењинград.
У међувремену, Иван Бездомни, након што се срео са Учитељем, говори му о томе како се срео са чудним странцем који је убио Мишу Берлиоза. Мајстор објашњава Ивану да се срео на Патријарзима са Сотоном, и говори Ивану о себи. Његова се вољена звала његова вољена Маргарита. Пошто је по историји био историчар, радио је у једном од музеја, када је изненада неочекивано освојио огромну суму - сто хиљада рубаља. Оставио је свој рад у музеју, унајмио две собе у подруму мале куће на једном од арбатанских стаза и почео да пише роман о Понцију Пилату. Романтика је замало завршена када је случајно на улици срео Маргариту и љубав је обојицу одмах погодила. Маргарита је била удата за достојног човека, живела је с њим у дворцу на Арбату, али није га волела. Сваког дана долазила је код господара. Афера се ближила крају и били су срећни. Коначно је роман завршен, а мајстор га је однео у часопис, али су одбили да га штампају тамо. Међутим, одломка из романа штампана је, а убрзо се у новинама појавило неколико разорних чланака о роману који су потписали критичари Ариман, Латунски и Лавровицх. А онда је мајстор осетио да му се разболи. Једне ноћи бацио је роман у рерну, али одбегнута, узнемирена, Маргарита је зграбила последњу хрпу чаршава из ватре. Отишла је, узевши рукопис са собом како би се опростила од свог супруга и вратила се љубавнику заувек ујутро, али четврт сата након што је отишла, куцало је на прозор - причајући Ивану своју причу, на овом месту Учитељ снива глас шапатом - и сада неколико месеци касније, једне зимске ноћи, када је дошао кући, нашао је заузете собе и отишао у нову приградску клинику, где живи већ четврти месец, без имена и презимена, само пацијент из собе 118.
Јутрос се Маргарита буди са осећајем да ће се нешто догодити. Обришући сузе, прелази листове угљенисаног рукописа, гледа мајсторову фотографију и затим се шета Александровим вртом. Овде Азазелло седи до ње и обавести је да је неки племенити странац позива у посету. Маргарита прихвата позив јер се нада да ће научити барем нешто о Учитељу. Увече истог дана Маргарита, скидајући се голом, трља тело кремом коју јој је дао Азазелло, постаје невидљива и лети кроз прозор. Возећи се поред куће писаца, Маргарита је уредила руту у стану критичара Латунског, који је, према њеном мишљењу, убио господара. Тада Маргарита упознаје Азазелло и води је до стана бр. 50, гдје упознаје Воланда и остатак његове обитељи. Воланд тражи од Маргарите да буде краљица на његовом балу. Заузврат, он обећа да ће јој испунити жељу.
У поноћ, почиње пролећна кугла са пуним месецом - велика лопта код сотоне, на коју су позвани преваранти, џелат, злочинци и убице - злочинци свих времена и нација; мушкарци су у капутима, жене су голе. Већ неколико сати гола Маргарита поздравља госте излажући јој руку и колена пољупцу. Напокон, лопта је готова, а Воланд пита Маргариту шта жели као награду за то што је домаћина. И Маргарита тражи да јој врати господара. Мајстор у одјећи у болници одједном се појављује, а Маргарита, након што се посвађала с њим, моли Воланда да их врати у малу кућу на Арбату, гдје су били сретни.
У међувремену, једна московска институција почиње се занимати за чудне догађаје који се догађају у граду, и сви се они слажу у логично јасној целини: тајанственог странца Ивана Бездомнија, сеансе црне магије у Вариетију, доларе Никанор Иванович и нестанак Римскија и Ликходеева. Постаје јасно да је све ово дело исте банде, коју је водио мистериозни мађионичар, а сви трагови ове банде воде до стана број 50.
Сада се окрећемо другој причи романа. У палати Херода Великог, јудејски прокурист Понтиус Пилате испитује ухапшеног Јешуа Га-Нозрија, којег је Схедрин осудио на смрт због увреде Цезарове моћи, а ова казна послата је на одобрење Пилату. Испитујући ухапшеног, Пилат схвата да пред њим није разбојник који је подстрекивао народ на непослушност, већ лутајући филозоф који проповеда краљевство истине и правде. Међутим, римски тужилац не може пустити човека који је оптужен за злочин против Цезара и потврђује смртну казну. Затим се обраћа врховном свештенику јеврејског каифа, који, у част предстојећег празника Ускрса, може ослободити једног од четири злочинаца осуђених на смрт; Пилат тражи да то буде Га-Нозри. Међутим, Каифа га одбија и пушта пљачкаша Вар-Раввана. На врху Лизаје Горе налазе се три крста на којима су распети. Након што се мноштво гледалаца који су пратили поворку до места погубљења вратило у град, на ученику Лисаие Гори остаје само ученик Иесхуа Леви Матвеи, бивши порезник. Казалац избоде измучене осуђенике и на планину нагло падне пљусак.
Прокуриста зове Афранииа, шефа његове тајне службе, и наређује му да убије Јуда из Кириатха, који је примио новац од схедрина јер му је омогућио да ухапси Иесхуа Га-Нозрија у својој кући. Убрзо, млада жена по имену Ниса наводно се среће са Јудом у граду и одређује му излазак изван града у Гетсеманску башту, где су га напале непознате особе, ножем га забила ножем и узела новчаник са новцем. Након неког времена, Афраниус извештава Пилату да је Јуда избоден на смрт, а врећа новца - тридесет тетрадраха - бачена је у кућу великог свештеника.
Леви Матвеи је доведен код Пилата, који тужиоцу показује пергамент са Га-Нозријевим проповиједима. "Најозбиљнији порок је кукавичлук", чита тужилац.
Али вратимо се Москви. На заласку сунца, на тераси московске зграде, опраштају се од града Воланда и његове пратње. Одједном се појављује Леви Матвеи, који нуди Воланду да узме господара код себе и награди га миром. "А зашто га не поведете са собом?" - пита Воланд. "Није заслужио светлост, заслужио је мир", одговара Леви Матвеи. Након неког времена, Азазелло долази у кућу код Маргарите и господара и доноси боцу вина - Воландов поклон. Након испијања вина, господар и Маргарита падају без осећаја; истог тренутка почиње немир у кући туге: пацијент је умро из собе број 118; и управо тог тренутка у дворцу на Арбату млада жена изненада бледи, стежући се за срце и пада на под.
Чаробни црни коњи носе Воланда, његову пратњу, Маргариту и Учитеља. "Ваш роман је прочитан," Воланд каже Учитељу, "и хтео бих да вам покажем вашег хероја." Отприлике две хиљаде година сједи на овом месту и у сну види месечину пут и жели да иде по њему и разговара са лутајућим филозофом. Сада можете завршити роман једном фразом. “ "Бесплатно!" Чека те! " - виче господар, а преко црног понора светли огроман град са баштом, до које се пружа лунарни пут, а прокуратор брзо креће овим путем.
"Збогом!" - вришти Воланд; Маргарита и господар прелазе преко моста преко потока, а Маргарита каже: "Овде је твој вечни дом; они који волиш долазит ће те увече, а ноћу ћу ти заштитити сан."
И у Москви је, након што ју је Воланд напустио, истрага у случају злочиначке банде још дуго траје, међутим мере предузете за њено хапшење не дају резултата. Искусни психијатри закључују да су чланови банде били хипнотичари без преседана. Неколико година пролази, догађаји тих мајских дана почињу да се заборављају, а само се професор Иван Николајевич Понирев, бивши песник Бескућник, сваке године, само када пролеће свечани пуни месец, појави на Патријарховим језерцима и седи на истој клупи где је први пут упознао Воланда, и а затим, након шетње Арбатом, враћа се кући и види исти сан у којем долазе и Маргарита, и господар, и Јешуа Га-Нозри, и окрути пети тужилац Јудеје, јахач Понтиус Пилате.
