У роману постоје три приче: прва - приповест која се води у име анђела Агасфера, чије име значи „Вољени од Бога“; 2. - прича о животном путу Паулуса вон Еицена, млађег савременика Мартина Лутхера; 3. - преписка између професора Сиегфриед Бифуса, директора Института за научни атеизам у Источном Берлину (ГДР) и професора Јоханаана Леуцхтентрагера са јеврејског универзитета у Јерусалиму.
Бесмртни духови Агасфер и Луцифер, које је Бог створио првог дана, срушени су с неба због одбијања да се приклоне Адаму, који је створен пред њиховим очима из прашине и четири елемента. Њихови се путеви разликују, за разлику од Луцифера, који чезне за потпуним уништењем свега створеног, нада се да се свијет може промијенити. Од сада је осуђен да лута земљом до Последњег суда.
Агасфер покушава да убеди Реббе Иесхуа-а, који верује да је Син Божји, који је стекао љубав и наклоност Оца, да Бог, Творац Универзума, није Бог љубави. Ако је Јешуа заиста Син Божји, онда мора да промени овај свет, пун окрутности, а не правде. Али Јешуа одбија да се бори са Богом и успостави своје краљевство на земљи: уверен је да је љубав јача од мача, спреман је да постане жртва, осуђен на клање и да преузме на себе грехе света.
Агасфер зна све што Јешуа очекује: издају Јуде, пресуду, распеће, смрт и васкрсење, након чега ће се уздићи Богу. Али то, како Агасфер сигурно зна, неће ништа у свету променити тако мудро уређено. Агасферус сусреће Луцифера који га, поигравајући се похлепом Јуде Исцариота, надахњује да изда свог учитеља, ако и сам жели да га Јуда изда. Агасфер приговара Иесхуа за пасивност и предвиђа да ће му после смрти бити изопачена учења, а у име љубави они ће чинити суровост и неправду. Последњи пут Агасфер убеђује Јешуу да постане вођа и краљ Израела, када носи крст на Калварију и жели да се одмори пред вратима Агасферове куће. Агасфер скрива Божји мач у ватри испод своје одеће, спреман је да га подигне због патње и растјера непријатеље, али жели да потпуно попије чашу коју му је дао отац. Агасфер, огорчен његовом тврдоглавошћу, отјера Јешуу и псује га говорећи да ће од сада он, Агасфер, морати да чека повратак Сина Човечјега.
Луцифер убјеђује Агасфера да иде к Јешуи и пита га шта је постигао преузевши на себе гријехе свијета, јер свијет није постао бољи након његовог мучеништва. Агасфер крши небески мир Човека Сина и позива га да говори, али он и даље тврди да је истина у Богу, мада Агасфер види да се његова вера у мудрост и правду Оца уздрмала.
Агасфер и Јешуа кренули су у потрагу за Богом. Они лутају пространством Шеола и сусрећу древног старјешину који у песак пише слова Књиге живота, а ветар их одмах дува. Овај старац је Бог. Дуго је био разочаран у својој Креацији: она живи у складу са својим законима и не постоји начин да се било шта промени у овом страшном свету, који је постао непрепознатљив чак и за њега, његовог Створитеља. Син Човјечји огорчен је чињеницом да га је Отац послао на крст, знајући унапријед да ће то бити узалуд. Син Човек креће у рат на свете темеље и започиње Армагедон, последња битка на земљи. Четири коњаника, звани Ватра, рат, глад и смрт, прате Сина Човечјега, а слиједе хорде Гога и Магога и анђели понора, срушени с неба шести дан Стварања, заједно са Луцифером и Агасфером, а испред њих је звијер са око седам глава и десет рогова, чије име је Антихрист.
Луцифер и Агасфер проматрају припреме за битку. Звезде падају с неба, отварајући фонтане понора, цела земља гори, људи се крију у пећинама и планинским клисурама, али чак и тамо смрт надвладава. Син Човек са својом војском прелази небо, подиже се све више у потрази за новим Јерусалимом, саграђеним од јасписа и чистог злата, али нигде га нема. Кад његова војска почне мрмљати. Син Човечји изјављује да је Бог поражен и побегао, па ће од сада Он, Син Човечји, постати Бог и створиће ново небо и нову земљу, краљевство љубави и правде, где човек неће бити непријатељ човеку. Али сви се смеју наивним речима Сина Човечјега: четворица коњаника, Гоги и Магоги, и свих седам глава Антихриста. Чује се паклени смијех Луцифера, а појављује се исти старац који је написао Књигу живота. Син Човек покушава да га убије мачем, али старији му каже да је Син лик Оца и да је неодвојив од Њега. Старјешина постаје толико огроман да све што може стати у његову десну руку и изговара Његово Име, тајно Божје име. У очима Агасфере, која посматра овај призор, све нестаје: међу празном околином - само лик Ребе-е Јешуе, слабашан и исцрпљен. Агасфер се насмијава на даљину: ово је све што је остало од Луцифера, Господара понора и великог борца за ред. Агасфер и Иесху "падају у понор, који је и простор и време, и нема ни врха ни дна, само токови честица - још увек нису раздвојени светлост и тама. Агасфер и Син Човек се спајају у љубав и постају једно, и од тада Бог је једно са својим Сином, тада Агасфер постаје једно са њим: "једно биће, једна велика мисао, један сан".
Студиосус Паулус вон Еицен, путујући у Виттенберг да би студирао са Лутхером и Меланцхтхоном, упознаје се са неким Хансом Леуцхтентрагером (значење немачког презимена Леуцхтентрагер је идентично значењу имена Луцифер: ношење светла, носач светла), које постаје његов стални сапутник и драгоцени савет Еицен-ов цео живот. Захваљујући Хансовој помоћи, која познаје све тајне магије; лијени и кратковидни, али амбициозни Еицен успјешно полаже испите, стиче Лутхерово повјерење и подршку и постаје пастир. Прави каријеру без размишљања зашто се Ханс брине о њој и које циљеве жели. Тајанствена фигура Вјечног Јеврејина, или Агасфера, која непрестано напушта похлепни и вољни Еицен, жестоки антисемит, за кога је хришћанска религија само начин да се обрачуна са својим противницима и постигне снажан положај у друштву, више пута се издиже на животном путу Еитсена.
Еицен уређује спор између хришћана и Јевреја и позива Вјечног Јеврејина, Агасферу, да свједочи да је Исус био прави Месија и Син Божји. Тако се Еицен нада да ће Јевреје претворити у праву веру и постати познати широм Немачке. Али Агасфер исмијава само глупост и религиозно лицемерје Еицена, због чега га је подвргнуо суровим мучењима. Агасфер, претучен рукавицама, умире, а Еитсен се нада да се коначно ослободио досадног Јеврејина. Проћи ће много година, али Агасфер, онако младеначки и подругљив као што је био на првом састанку, поново се појављује пред старим Еиценом. Заједно с Леуцхтентрагером, који се више не крије да је Луцифер, господар подземља, Агасфер, одузима душу Еицену, читајући му ријечи пророка Езекиела, разоткривајући зле пастире.
Професор на хебрејском универзитету Јоханаан Леуцхтентрагер ступио је у преписку са Сиегфриедом Веифусом и обавестио га да лично познаје Агасфера, савременика Реббе Иесхуа или Исуса Христа. Милитантни атеист Бифус, који заузима положај дијалектичког материјализма, покушава Леуцхтентрагеру доказати да то не може бити, али на крају преписке толико је фасцинирана Агасферовом мистеријом да „надлежни органи“ ГДР-а, који поштују преписку двојице професора, коначно препоручују Бифус-у не одговарају на писма из Израела: забринути су да ће Леуцхтентрагер са својим пријатељем Агасфером доћи до ДДР-а и тако убедити марксистичког Бифуса у стварно постојање Вечног Јевреја. Међутим, нико не успева да спречи њихов долазак у ДДР. 31. децембра 1981. године посетили су Бифус на Институту научног атеизма, након чега их је позвао у свој дом, где се његова породица, у кругу многих пријатеља, припремала за прославу Нове године.
Бифус је закључан са Агасфером и Леуцхтентрагером у својој канцеларији и, како касније каже његова супруга, дуго се свађа са њима. После поноћи, велика рупа са угљенисаним ивицама пронађена је у зиду Бифусове канцеларије, али ни он ни његови израелски колеге нису у соби. Током истраге, испоставило се да израелски држављани А. Агасфер и И. Леуцхтентрагер нису добили визе, а контролне тачке нису регистровале њихов улазак и излазак. Касније се сазнаје да су се у ноћи између 31. децембра 1980. и 1. јануара 1981., на стражи од граничног торња на граничном прелазу Фриедрицхстрассе, три неидентификоване особе кретале ваздухом. Ватрени реп пружао се за двоје, а трећег су носили под оружјем. Насилници границе прелетјели су преко границе ДДР-а, након чега су стекли висину и нестали из вида. Али "надлежни органи" су за то сазнали много касније, пошто су дежурни службеници оптужени да су током служења алкохола конзумирали алкохол и они су издржавали своје казне.